Cómo encontrar el complemento inverso de una secuencia de ADN: 2 pasos

El complemento inverso de una secuencia de ADN significa los contenidos de la cadena opuesta en una molécula de ADN. Las moléculas de ADN se construyen como tales porque cada nucleótido tiene un nucleótido complementario en la otra cadena a la que existe un enlace no covalente.

Pasos

Método 1 de 2:

Manualmente

1. Traza a través de la secuencia hacia atrás, comenzando desde el último nucleótido en la secuencia.

2. A medida que pasa sobre cada nucleótido, agregue su nucleótido complementario a la siguiente línea, comenzando la cadena complementada desde el lado izquierdo de la página. Recuerde, los enlaces de guanina (g) a citosina (C) y enlaces adenina (a) a la timina (T).

Método 2 de 2:

Programáticamente (Python 2)

1. Crea o acepta un archivo de entrada. Este artículo asume que la entrada está en Fastaja Formato, con una sola secuencia por archivo. Los siguientes pasos también asumen que todos los nucleótidos son bases ATGC.

2. Leer en el archivo. Para formato FASTA:

Deseche la primera línea del archivo.

Eliminar todos los últimos tiempos restantes y otros espacios en blanco finales.

DEF INIT (SECUENCIA): con ABIERTO (ARGV [1]) como entrada: secuencia = "".Únete ([línea.Strip () para la línea en la entrada.Readlines () [1:]]) Secuencia de retorno

3. Crea una tabla hash que asigna cada nucleótido a su complemento.

complemento = {`a`: `t`, `c`: `g`, `g`: `c`, `t`: `a`}

4. Iterar a través de la secuencia y usar una búsqueda de tabla hash para construir la secuencia complementaria. Revertir el vector resultante.

DEF INVERSIÓN_COMPLEMENTO (SEQ): BASES = [COMPLEMENTO [BASE] PARA BASE EN SEQ] BASES = BASES DE RETURNO INVERTIDO (BASES)

5. Imprime los contenidos del vector.=

Resultado = reverso_complemento (SEQ) Imprimir ``.Únete (resultado)

Consejos

Si está calculando el complemento inverso a mano, asegúrese de verificar doble! Puede ser fácil perderse un par de base o usar el complemento incorrecto, especialmente si está leyendo una larga secuencia en papel.