Cómo dibujar un dipéptido a un pH específico: 9 pasos (con imágenes)

Esta guía proporcionará una introducción a las definiciones, aminoácidos básicos y un ejemplo de cómo dibujar un dipéptido. Un dipéptido consta de dos residuos de aminoácidos, mientras que los polipéptidos consisten en más de dos. Estas estructuras son importantes porque ayudan a formar proteínas en el cuerpo y también tienen roles en los mecanismos de reacción. Al dibujar los grupos de troncal y funcionales, se dará a los pasos detallados para saber cómo alterar aquellos grupos según un pH específico, una escala para medir la acidez o la basicidad de una solución. Al saber cómo se verá la estructura en ciertas condiciones, esto le dará a los estudiantes una mejor comprensión de cómo se usan en reacciones. Esto también ayudará a dibujar péptidos consistentes en más de dos aminoácidos.

Pasos

Parte 1 de 3:

Definiciones de aprendizaje y las estructuras básicas.

1. Conocer las definiciones básicas. Un dipéptido es un compuesto orgánico que consiste en dos aminoácidos. Tiene dos componentes, una columna vertebral y grupos funcionales adjuntos.

2. Aprende los 20 aminoácidos básicos. Los 20 aminoácidos se pueden encontrar a través de una búsqueda en Internet. Aprenda sus estructuras, sus abreviaturas de tres letras y sus grupos funcionales que luego se utilizarán para reemplazar el "R" En la estructura básica.

Parte 2 de 3:

Dibujando el dipéptido básico

1. Dibuja un solo aminoácido. Cada amino comienza con un extremo de amina (NH3 +) y un extremo carbonilo (Coo-). Comenzando con el extremo de amina, escribe "Nh3+" y desde allí, dibuje una línea hacia la derecha, creando un punto llamado C1 para representar carbono 1. Luego, desde C1, dibuje una línea hacia abajo y hacia la derecha para crear otro punto llamado C2. Por último, desde C2 dibuje una línea hasta la derecha y al final de la línea de escritura "O-". En C1 dibujar una línea recta y escribir "R" para representar a un grupo funcional que luego será reemplazado. En C2, dibuje dos líneas rectas y escriben "O". Esto completa un dibujo de un solo aminoácido.

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2. Conecta dos aminoácidos. Para crear un dipéptido, los aminoácidos individuales deben estar conectados. Inicie el dibujo nuevamente como se indica en el paso anterior, pero en C2, dibuja la línea hacia la derecha y escribe "NUEVA HAMPSHIRE" al final en lugar de "O". Desde allí, dibuje una línea hacia abajo y hacia la derecha para crear un punto llamado C3. En C3, se dibujará una línea a la derecha para crear un punto llamado C4. Por último, una línea será arrastrada a la derecha y al final de la línea de escritura "O-". En C3, dibuje una línea recta y escriba "R" , que luego será reemplazado por un grupo funcional. En C4, dibuje dos líneas directamente y escribe "O" al final. Esto completa un dibujo de un dipéptido básico.

Parte 3 de 3:

Añadiendo los grupos funcionales

1. Mire la abreviatura de tres letras y elija el aminoácido correcto. Por ejemplo, el dipéptido Tyr-Lys se utilizará como ejemplo. Los aminoácidos correctos se dibujan a continuación.

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2. Reemplazar "R" Con los grupos funcionales de aminoácidos. En C1, se dibujará el grupo funcional de TYR para reemplazar "R". En C3, se dibujará el grupo funcional de Lys para reemplazar "R".

3. Saber cómo termina ph alters y grupos funcionales. Basado en el pH un dipéptido, y la PK relativa_a Los valores, esto determina si el extremo de amina, el extremo de carbonilo y los grupos funcionales específicos se protonan (H agregado) o desprotonado (H llevado).

Si el pH< paquete_a, entonces esta protonado. Si el pH>paquete_a, Luego está desprotonado. Una tabla del aminoácido pk_a Se muestran los valores, pero el enfoque estará en la PK_a de las cadenas laterales indicadas en rojo.

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1. Alterar los extremos basados en un pH específico. El pH en este ejemplo será pH 7. Para el extremo de la amina, la pk_a siempre será 9. Ya que ph_a, El extremo de la amina está protonado y permanecerá NH3 + (si se desprotonó, será NH2). Para el extremo carbonilo, la pk_a siempre será 3. Ya que ph>paquete_a, El extremo de carbonilo está desprotonado y permanecerá O- (si se protonó, será OH).
2. Alterar grupos funcionales basados en pH específico. Solo se alterarán las cadenas laterales ácidas y básicas, así como las cisteínas polares de aminoácidos y la tirosina. Consulte la tabla en la Parte 3, Paso 3.

PKA OF TYR = 10.07, el pH_a por lo que será protonado y permanecerá oh (si desprotonado será O-).PKA DE LYS = 10.79, el pH_a, está protonado por lo que será NH3 + (si se desprotonó, será NH2).

Finalmente, ha completado un dibujo de un dipéptido en un pH específico.

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Cómo dibujar un dipéptido en un ph específico

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